核酸提取的方法
      發(fā)布日期:2022/10/15 10:49:36
      1.概述
      核酸是由許多核酸聚合成的生物大分子化合物,為生命的最基本物質(zhì)之一。核酸廣泛存在所有動物、植物細胞、微生物內(nèi)、生物體內(nèi)核酸常與蛋白質(zhì)結(jié)合形成核蛋白。不同的核酸, 化學組成、核 酸排列順序 不同。根據(jù)化學組成不同,核酸可分為核糖核酸,簡稱 RNA 和脫氧核糖核酸,簡稱DNA。
      DNA是儲存、復制和傳遞遺傳信息的主要物質(zhì)基礎, RNA 在蛋白質(zhì)合成過程中起著重要作用,其中轉(zhuǎn)運核糖核酸,簡稱 tRNA, 起著攜帶和轉(zhuǎn)移活化氨基酸的作用:mRNA是合成蛋白質(zhì)的模板;核糖體的核糖核酸,簡稱rRNA, 是細胞合成蛋白質(zhì)的主要場所。
      2.核酸提取樣品
      普通樣品:血液、動植物組織、細菌、細胞、病毒、 髓、體液等等。
      疑難樣品:唾液、痰液、土壤、糞便、頭發(fā)、石蠟包埋組織、骨骼、 牙齒、指甲、煙頭等等
      3.核酸提取的方法
      核酸包括DNA 、RNA兩種分子,在細胞中都是以與蛋白質(zhì)結(jié)合的狀態(tài)存在,核酸提取的主要步驟為:裂解細胞去除與核酸結(jié)合的蛋白質(zhì)以及多糖、脂類等生物大分子,去除 其他不需要的核酸分子,如提取DNA分子時,應去除 RNA,反之亦然。沉淀核酸純化核酸,去除鹽類,有機劑等雜質(zhì)。
      3.1堿裂解法
      堿裂解法是基于DNA的變性與復性差異而達到分離目的。
      3.2煮沸法
      煮沸時將樣品中的DNA通過核酸裂解液的作用釋放出來,離心沉淀后將雜質(zhì)去除,上清液即可用作PCR擴增。
      3.3濃鹽法
      利用RNA和DNA在電解溶液中溶解度不同,將二者分離,常用的方法是用1M氯化納提取,得到的DNP粘液與含有少量辛醇的氯仿一起搖蕩,使乳化,再離心除去蛋白質(zhì),此時蛋白質(zhì)凝膠停留在水相及氯仿相中間,而DNA位于上層水相中,用2倍體積95% 乙醇可將DNA鈉鹽沉淀出來。
      3.4苯酚抽提法
      苯酚作為蛋白變性劑,同時抑制了DNase的降解作用,用苯酚處理勻漿液時,由于蛋白與DNA聯(lián)結(jié)鍵已斷,蛋白分子表面又含有很多極性基團與苯酚相似相溶。蛋白分子溶于酚相,而DNA溶于水相。離心分層后取出水層,多次重復操作,再合并含DNA的水相,利用核酸不溶于醇的性質(zhì),用 乙醇沉淀DNA。此時DNA是十分粘稠的物質(zhì),可用玻璃慢慢繞成一團,取出。此法的特點是使提取的DNA保持天然狀態(tài)。
      3.5水抽提法
      利用核酸溶解于水的性質(zhì),將組織細胞破碎后,用低鹽溶液除去RNA, 然后將沉淀溶于水中,使DNA充分溶解于水中,離心后收集上清液,在上清中加入固體氯化鈉調(diào)節(jié)至2. 6M. 加入2倍體積95%醇,立即用攪拌法攪出,然后分別用66% , 80%和95%乙醇以及丙銅洗滌,最后在空氣中干燥,即得DNA樣品,此法提取的DNA中蛋白質(zhì)含量較高,故一般不用,為除蛋白可將此法加以改良,在提取過程中加入SDS。
      3.6陰離子去污劑法
      用SDS或二甲苯酸鈉等去污劑使蛋白質(zhì)變性,可以直接從生物材料中提取DNA。由于細胞中DNA與蛋白質(zhì)之間常借靜電引力或配位鍵結(jié)合,因為陰離子去污劑能夠破壞這種價鍵,所以常用陰離子去污劑提取DNA。
      3.7硅膠膜法
      可用于手工提取,也可用于自動化提取。
      硅膠模法核酸提取
      3.8磁珠法
      一般用于自動化提取,生物磁珠是一種新型的功能化固體載體,其表面包被有活性基團,可以與多種生物活性物質(zhì)發(fā)生偶聯(lián),兼具有液體的流動性和固體磁性材料等特點,在外磁場的作用下可以定向移動和栠中,當撤去外磁場后,稍加振蕩或抽吸又可均勻分散于液體中,從而使固液相的分離變的十分快捷方便,通過簡單的洗脫可以得到純度很高的靶向物質(zhì)。
      磁珠法核酸提取
      4.提取純化方法比較
      5.提取核酸的目的
      提取完整性和純度兩方面質(zhì)量均高的核酸分子是下游分子生物學實驗的基礎。所以高質(zhì)量的核酸提取是至關(guān)重要的,他可以做很多很多的分子生物學實驗,下面就簡要闡述常見的分子生物學實驗。
      5.1PCR
      聚合酶鏈式反應(Polymerase Chain Reaction), 簡稱PCR是一種分子生物學技術(shù),用放大擴增特定的DNA片段。可看作生物體外的特殊DNA復制。PCR(聚合酶鏈式反應)是利用DNA在體外攝氏95°高溫時變性會變成單鏈,低溫(經(jīng)常是 60°C 左右)時引物與單鏈按堿基互補配對的原則結(jié)合,再調(diào)溫度至DNA聚合酶最適反應溫度 (72°C 左右),DNA 聚合酶沿著磷酸到五碳糖 (5'-3') 的方向合成互補鏈。基于聚合酶制造的 PCR 儀實際就是一個溫控設備,能在變性溫度、復性溫度、延伸溫度之間很好地進行控制。
      5.2轉(zhuǎn)基因
      轉(zhuǎn)基因技術(shù)(Genetically Modified , 簡稱GM), 將基因片段轉(zhuǎn)入特定生物中,并最終獲取具有特定遺傳性狀個體的技術(shù)。不管轉(zhuǎn)入的基因來自進化樹上再遠的物種,接受這基因的也能讀解,那是因為DNA是通用代碼,細胞知道如何解讀。即使親緣關(guān)系最遠的物種---比如人類和細菌---也共享許多基因 ,在數(shù)十億年的進化過程中一直保持不變。基因從哪來,并不是關(guān)鍵,起到的作用才是它們的功能,所以植物轉(zhuǎn)入動物基因不會有動物的味道。
      轉(zhuǎn)基因技術(shù)的理論基礎來源于進化論衍生來的分子生物學。基因片段的來源可以是提取特定生物體基因組中所需要的目的基因,也可以是人工合成指定序列的基因片段。基因片段被轉(zhuǎn)入特定生物中,與其本身的基因組進行重組,再從重組體中進行數(shù)代的人工選育,從而獲得具有特定的遺傳性狀個體。該技術(shù)可以使重組生物增加人們所期望的新性狀,培育出新品種。
      5.3構(gòu)建基因文庫
      一個生物體的基因組DNA用限制性內(nèi)切酶部分酶切后,將酶切片段插入到載體DNA分子中,所有這些插入了基因組DNA片段的載體分子的集合體,將包含這個生物體的整個基因組,也就是構(gòu)成了這個生物體的基因文庫。將這些載體導入到受體細菌或細胞中,這樣每個細胞就包含了一個基因組DNA片段與載體重組DNA分子,經(jīng)過繁殖擴增,許多細胞一起包含了該生物全部基因組序列,我們將這一個集合體叫做基因文庫。
      用重組DNA技術(shù)將某種生物細胞的總DNA或染色體DNA的所有片斷隨機地連接到基因載體上,然后轉(zhuǎn)移到適當?shù)乃拗骷毎校ㄟ^細胞增殖而構(gòu)成各個片段的無性繁殖系(克隆),在制備的克隆數(shù)目多到可以把某種生物的全部基因都包含在內(nèi)的情況下,這一組克隆的總體就被稱為某種生物的基因文庫。同一定義也適用于某種生物的線粒體DNA或葉綠體DNA的基因文庫。由于制備DNA片段的切點是隨機的,所以每一克隆內(nèi)所含的DNA片段既可能是一個或幾個基因,也可能是一個基因的一部分或除完整基因外還包含著兩側(cè)的鄰近DNA順序。
      5.4分子測序
      利用DNA聚合酶合成與模板互補的DNA鏈,在三圍空間中記錄模板位置和核苷酸序列信息,再反向構(gòu)建模板的序列。除了DNA合成反應的三大要素(模板、酶、核苷酸)之外,模板所處位置和反應循環(huán)中單色熒光標記的核苷酸順序(如何A、C、G、T)也是最終DNA序列能夠完成的關(guān)鍵要素。如果反應所用的核苷酸標記著四種不同的熒光,則每一次反應循環(huán)就需要切換不同波長的光以記錄不同的堿基。
      5.5分子診斷
      分子診斷:應用分子生物學方法檢測患者體內(nèi)遺傳物質(zhì)的結(jié)構(gòu)或表達水平的變化而做出診斷的技術(shù),稱為分子診斷。分子診斷是預測診斷的主要方法,既可以進行個體遺傳病的診斷,也可以進行產(chǎn)前診斷。分子診斷的材料包括DNA、RNA和蛋白質(zhì)。
      分子診斷主要是指編碼與疾病相關(guān)的各種結(jié)構(gòu)蛋白、酶、抗原抗體、免疫活性分子基因的檢測。
      5.6親子鑒定
      親子鑒定就是利用法醫(yī)學、生物學和遺傳學的理論和技術(shù),從子代和親代的形態(tài)構(gòu)造或生理機能方面的相似特點,分析遺傳特征,判斷父母與子女之間是否是親生關(guān)系 是法醫(yī)物證鑒定的主要組成部分,親子鑒定在中國古代就已有之,如滴骨驗親、滴血驗親等。
      DNA親子鑒定實驗操作步驟如下:
      第一步:DNA提取
      把樣本細胞核中所含有DNA提取出來,然后進行一定的純化,化除樣本中的雜質(zhì)。
      第二步:PCR擴增
      PCR的中文名為聚合酶鏈式反應,簡單的說,華科基因 PCR 擴增這一步就是把我們所需要的片段通過酶促反應,在PCR 儀上進行大量復制,放大到通過某些專用儀器可以看到的程度。
      第三步:后PCR反應
      這一步主要是上ABI測序儀檢測的準備階段,將雙鏈的DNA打開,加一些檢測用的的內(nèi)標,主要是來標記檢測的片段長度。
      第四步:毛細管測序儀檢測
      由于DNA帶有電荷,通過毛細管電泳的方法,不同片段DNA長度的電泳速度不同,在同樣的電壓,同樣的電泳時間下,泳動的距離不同,這些長短不同距離可以通過前期加入的內(nèi)標測量分辨出來,同時可通過一定的軟件顯示在電腦上,方便檢測員處理和分析數(shù)據(jù)。
      第五步:分析數(shù)據(jù),出具報告
      主要是檢測人員將所得結(jié)果進行分析匯總、計算,然后出鑒定結(jié)論和報告。
      5.7法醫(yī)鑒定
      法醫(yī)鑒定是司法程序中有關(guān)技術(shù)工作的一項重要內(nèi)容。是運用醫(yī)學、生物學、人類學及物理、化學等方面的知識對與人身有關(guān)的活體、尸體及生物物證等的檢驗鑒定工作,從而取得死亡原因、傷害程度、兇器種類、血型分析、事實確認等結(jié)論性意見。法醫(yī)鑒定結(jié)論是三大訴訟法的重要證據(jù)種類,由于其與人身密切相關(guān),決定了法醫(yī)鑒定在訴訟和 非訴訟活動中具有十分重要的意義。它是查明案件事實,分清案件性質(zhì)的重要根據(jù),同時又是鑒別案內(nèi)其他證據(jù)是否真實的重要手段。可以說,法醫(yī)鑒定工作的好壞在一定程度上影響著司法公正與否。
      5.8基因敲除
      基因敲除(knockout) 是指一種遺傳工程技術(shù),針對某個序列已知但功能未知的序列,改變生物的遺傳基因,令特定的基因功能喪失作用,從而使部分功能被屏障,并可進一步對生物體造成影響,進而推測出該基因的生物學功能。
      基因敲除和基因嵌入技術(shù)是上個世紀90年代出現(xiàn)的最新外源DNA導入技術(shù)。基因敲除是基因打靶技術(shù)的一種,類似于基因的同源重組。指外源DNA與受體細胞基因組中序列相同或相近的基因發(fā)生同源重組,從而代替受體細胞基因組中的相同/相似的基因序列,整合入受體細胞的基因組中。此法可產(chǎn)生精確的基因突變,也可正確糾正機體的基因突變。基因嵌入又稱基因置換,它是利用內(nèi)源基因序列兩側(cè)或外面的斷裂點,用 同源序列的目的基因整個置換內(nèi)源基因。目前用基因敲除和基因嵌入的技術(shù)有Cre/Lox P系統(tǒng)、 FLPI 系統(tǒng)等。
      5.9基因芯片
      基因芯片(genechip (又稱DNA芯片、生物芯片)的原型是80年代中期提出的。基因芯片的測序原理是雜交測序方法,即通過與一組已知序列的核酸探針雜交進行核酸序列測定的方法,在一塊基片表面固定了序列已知的八核苷酸的探針。當溶液中帶有熒光標記的核酸序列TATGCAATCTAG, 與基因芯片上對應位置的核酸探針產(chǎn)生互補匹配時,通過確定熒光強度最強的探針位置,獲得一組序列完全互補的探針序列。據(jù)此可重組出靶核酸的序列。
      5.10動植物資源保存鑒定
      建立瀕危野生動植物種質(zhì)基因資源庫和實施瀕危動植物的基因保護工程,對我國瀕危野生動植物的保護和繁衍,保持我們所生活的環(huán)境生物的多樣性和生態(tài)鏈的平衡,無疑具有重大意義。但是,對于已經(jīng)進入生物經(jīng)濟時代的人類來說,其意義已遠不止這么簡單。

      提取出高質(zhì)量的核酸在其他領(lǐng)域和方向都有不可低估的作用。但是僅僅依靠傳統(tǒng)的核酸提取方法,很難滿足日益巨大的中國核酸市場,因此全自動核酸自動提取儀的出現(xiàn)將會給中國的核酸提取市場帶來光明。

      山東博科-核酸提取儀

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